Metabolit sekuder adalah senyawa-senyawa hasil biosintetik turunan dari metabolit primer yang umumnya diproduksi oleh organisme dan berguna untuk pertahanan diri dari lingkungan maupun dari serangan organisme lain. Peran dari metabolit sekunder dapat sebagai racun bagi predator, sebagai senyawa tertentu agar dapat hidup dilingkungan ekstrim maupun bertahan dalam musim-musim tertentu.