Vaksin adalah produk biologi yang berisi mikroorganisme yang sudah mati atau yang masih hidup tetapi dilemahkan, yang apabiladiberikan kepada seseorang akan menimbulkan kekebalan spesifik secara aktif terhadap penyakit tertentu. Vaksin berkaitan erat dengan proses imunisasi, dimana di Indonesia banyak dikenal berbagai imunisasi, seperti imunisasi campak dan polio.

Dalam kaitannya dengan kehalalan, titik kritis halal vaksin dapat terletak pada sumber bahan, seperti apabila bahan yang digunakan berasal dari babi (gelatin dari kulit babi atau trypsin dari pankreas babi), atau bahan yang berpeluang besar bersentuhan dengan babi dalam proses produksinya, yaitu lactalbumin hydrolysate, dan bahan yang berasal dari tubuh manusia atau human diploid cell. Pada dasarnya, penggunaan obat-obatan, termasuk vaksin, yang berasal dari –atau mengandung benda najis ataupun benda terkena najis adalah haram.

Sampai saat ini, vaksin yang sudah bersertifikat halal adalah vaksin meningitis dari merek tertentu dan vaksin diare Rotarix yang diproduksi oleh GSK biologicals dari belgia.

Kehalalan vaksin Inactive Polio Vaccine (IPV) dan Oral Polio Vaccine (OPV) Vaksin IPV dan OPV adalah vaksin yang diperuntukkan untuk penyakit polio. Vaksin polio oral diberikan 3 kali pada anak usia 6 – 12 minggu, 8 minggu setelah pemberian suntikan pertama dan pada usia 6 – 18 bulan. Sedangkan IPV diberikan 4 kali pada bayi dan anak saat menginjak usia 2 bulan, 4 bulan, 6 – 18 bulan dan 4 – 6 tahun. Hingga saat ini, vaksin polio yang digunakan di Indonesia adalah vaksin polio yang belum bersertifikat halal. Berdasarkan keputusan MUI tertanggal 8 Oktober 2002 Pemberian vaksin IPV kepada anak-anak yang menderita immunocompromise, pada saat ini, dibolehkan, sepanjang belum ada IPV jenis lain yang suci dan halal.

Sedangkan berdasarkan keputusan MUI tertanggal 25 Juli 2005, Pemberian vaksin OPV kepada seluruh balita, pada saat ini, dibolehkan, sepanjang belum ada OPV jenis lain yang produksinya menggunakan media dan proses yang sesuai dengan syariat Islam. Kehalalan vaksin meningitis pagi jamaah haji dan umroh.

Vaksin meningitis yang beredar di Indonesia sudah ada yang dibuat dari bahan yang halal. berdasarkan fatwa MUI nomor 6 tahun 2010, ditetapkan bahwa:

1. Vaksin Mencevax ACW135Y hukumnya Haram.
2. Vaksin Menveo Meningococcal dan Vaksin Meningococcal hukumnya Halal.
3. Vaksin yang boleh digunakan hanyalah vaksin meningitis yang Halal.

Vaksin Mencevax TM ACW135Y adalah vaksin meningitis yang diproduksi oleh Glaxo Smith Kline Beecham Pharmaceutical- Belgium. Vaksin Menveo Meningococcal adalah vaksin yang mempunyai nama produksi Menveo Meningococcal Group A, C, W135 and Y Conyugate Vaccine yang diproduksi oleh Novartis accine and Diagnostics S.r.i.

Vaksin Meningococcal adalah vaksin yang mempunyai nama produksi Meningococcal Vaccine yang diproduksi oleh Zheijiang Tianyuan Bio Pharmaceutical Co. Ltd.