Vaksin yang diinaktivasi dibuat dari mikroorganisme (virus, bakteri) yang telah dimatikan. Mikroorganisme yang sudah mati ini tidak dapat menyebabkan penyakit. Respon kekebalan tubuh yang timbul pada seseorang yang divaksinasi oleh jenis vaksin ini lebih lemah dibandingkan vaksin hidup sehingga biasanya memerlukan pemberian vaksin ulang. Contoh dari inactivated vaccine adalah vaksin polio injeksi, DPT, vaksin flu.